Parafia Pniów została erygowana z parafii Wrzawy, a założona staraniem Jana z Pniowa, archidiakona w Krakowie, w 1464 r. Do 1897 r. posiadała kilka kościołów drewnianych. W tym czasie ukończono budowę nowego kościoła, murowanego z cegły w stylu gotyckim, zwanego przez biskupów przemyskich „Jutrzenką Północy”. W czasie I wojny światowej świątynia została podziurawiona pociskami artylerii wojsk austriackich i rosyjskich, ponieważ znajdowała się na linii frontu. Po wojnie szkody zostały usunięte, wnętrze zaś zostało przyozdobione piękną polichromią.
Tragicznym dniem dla wspólnoty parafialnej w Pniowie był 27 lipca 1944 r. Rozgromione przez Armię Czerwoną i Wojsko Polskie oddziały hitlerowskie, w ostatnich godzinach swego pobytu, ładunkami trotylu zburzyły świątynię. Z ruin zniszczonego kościoła ocalał tylko obraz Matki Bożej Dobrej Rady, który mieszkańcy zabrali ze sobą. Ukrywając się po lasach oraz ziemiankach zdołali go uratować. Parafianie pniowscy wciąż żyli myślą o odbudowie kościoła.
W 1955 r., z inicjatywy ks. Bolesława Grabowskiego, pełniącego w tym czasie obowiązki administratora parafii, postanowiono wybudować cegielnię parafialną, aby otrzymaną z niej cegłę przeznaczyć na odbudowę kościoła. Budowa ruszyła w 1956 r. po przybyciu do parafii nowego administratora ks. Leona Trojnara. Cztery lata później kościół został konsekrowany przez bp. Stanisława Jakiela z Przemyśla. Nowa świątynia ponownie otrzymała wezwanie św. Zygmunta. Parafia posiada akta parafialne od 1828 r. Koło kościoła znajduje się obecnie nieużywana, zabytkowa plebania, a obok niej dom zakonny Wspólnoty Niepokalanej Matki Wielkiego Zawierzenia. Fakt cudownego ocalenia wizerunku Matki Bożej Dobrej Rady pokazuje, że Maryja jest ostoją tej wspólnoty parafialnej.
Z parafii w 1951 r. wydzielona została parafia Chwałowice.